Universitario de Deportes nace el 27 de febrero de 1999, y a través de la Fundación de Ayuda Recíproca Internacional en el contexto que poseen sus estatutos educacionales y deportivos. Logrando poco tiempo después obtener su propia personería jurídica como Asociación Atlética Universitario De Deportes.

La “U” como la llaman sus simpatizantes debutó en la Liga de Futbol de Paraná Campaña en abril de 1999, clasificando para los cuartos de final y quedando a escasos puestos por la obtención del Título '99', pero sí logrado por su Segunda División.

En el campeonato del año 2000 lo tuvo como un justo ganador logrando su Primer Campeonato en su Primera División, y el bicampeonato en Segunda División además el logro de haber ascendido para representar a la Liga de Futbol de Paraná Campaña al Campeonato Argentino 'B' del Consejo Federal del Fútbol Argentino (AFA).

En su tercera temporada en el fútbol de Paraná Campaña, Universitario obtiene el bicampeonato en su Primera División, logrando de esta manera una histórica hazaña: la de ser el bicampeón más joven de la Liga, la de perder un solo partido, la de tener la delantera más goleadora y la valla menos vencida del torneo auspiciado por la Asociación del Fútbol Argentino (AFA), la Liga de Fútbol de Paraná Campaña y “El Diario” de la Ciudad de Paraná.